Foggia sorge al centro del Tavoliere delle Puglie, tra il torrente Celone e il fiume Cervaro, a metà strada tra il golfo di Manfredonia, il promontorio del Gargano e i monti della Daunia.

Il territorio sorge in un’area geografica pianeggiante e presenta un’escursione altimetrica di 291 metri, con un’altitudine compresa tra i 19 e i 310 metri. La casa comunale si trova a 76 m s.l.m.

La città giace su terreni di origine argillosa, soggetti a elevato ristagno idrico. Essa rientra nella zona indicata a sismicità media.